Con la entrada en vigor de las modificaciones de la ley General Tributaria (de las que ya dimos cuenta en nuestros anteriores Apuntes), viene a zanjarse la posibilidad de que la Inspección tributaria pueda comprobar ejercicios prescritos en determinados supuestos, hecho que ha sido objeto de no pocos contenciosos.
En efecto, se han ampliado las potestades de comprobación e investigación aún cuando se trate de ejercicios prescritos siempre que sea preciso en relación con obligaciones de ejercicios no prescritos. Se fija en este sentido un plazo de diez años para la comprobación, mientras que antes el plazo de investigación estaba vinculado al plazo de prescripción del posible ilícito, es decir, de cuatro años.
El artículo introducido en la LGT, el 66 bis, dice entre otras cosas que “el procedimiento de comprobación de las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o de deducciones aplicadas o pendientes de aplicación, prescribirá a los diez años a contar desde el día siguiente a aquel en que finalice el plazo reglamentario establecido para presentar la declaración o autodeclaración correspondiente”. La comprobación “sólo podrá realizarse en el curso de procedimientos de comprobación relativos a obligaciones tributarias y periodos cuyo derecho a liquidar no se encuentre prescrito”. Además “salvo que la normativa propia de cada tributo establezca otra cosa, la limitación del derecho a comprobar no afectará a la obligación de aportación de las liquidaciones o autoliquidaciones en las que se incluyeron las bases, cuotas o deducciones y la contabilidad con ocasión de procedimientos de comprobación e investigación de ejercicios no prescritos en los que se produjeron las compensaciones o aplicaciones señaladas en dicho apartado”.
Así pues, cuando la Administración inicie un procedimiento de inspección por un ejercicio tributario no prescrito podrá, al mismo tiempo, investigar, comprobar y regularizar las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensar, aplicadas o pendientes de aplicación de ejercicios correspondientes a los diez años anteriores.